A exposição de longa duração Relíquias do passado: explorando os tempos bíblicos foi dividida em nove diferentes módulos, em sequência cronológica, com uma introdução à Bíblia:
São quase 2 mil peças em exposição, que contam 4500 anos de história (3 mil a.C. a 1500 d.C.), por meio de coleções arqueológicas, de numismática e obras raras (Bíblias). O visitante irá se deparar com 80% de peças originais. Estão expostos artefatos em cerâmica, faiança, bronze, ferro, vidro, pedra, prata etc.
Também foram replicadas as principais descobertas da arqueologia bíblica ao longo da história, como o Código de Hamurabi, a Pedra de Roseta, o busto de Nefertiti, a múmia de Ramsés, o sarcófago de Tutancâmon, entre outras. Uma maquete de Jerusalém dos dias de Jesus foi construída para visualizar o contexto em que ele viveu.
Há ainda peças ilustrativas, que compõem os ambientes e demonstram a cultura de cada período, tais como carruagens, maquetes, relevos. Cada espaço foi ambientado com imagens, cores, formas e elementos cênicos característicos do período correspondente. Assim, a exposição é interativa e multimídia: com cenários, cheiros, sons, imagens, desenhos e ilustrações, mapas e infográficos, que aumentam a experiência imersiva do público.
Os recursos disponíveis para aprendizado são diversos: etiquetas, textos de apoio, vídeos, qr codes que encaminham para o acesso de conteúdos virtuais extras. Dessa forma, o público pode se aprofundar como desejar, com o tempo que dispor e conforme os seus interesses. A intenção dos colaboradores do Museu é diversificar continuamente os meios de interagir com o espaço e dialogar com os artefatos, tanto presencialmente como virtualmente, mantendo uma troca permanente e dinâmica com os interessados.